バージョン番号を表す4つの数字(a.b.c.d)※1のうち3つ目の数字(c)は、メインプログラム以外の更新(=主にドキュメント類の更新)をした際にカウントアップされます。
このため、ご質問のバージョン番号が一致しない事は正常な動作です。
アプリケーションのインストールフォルダにある「更新履歴.txt」または「Readme.txt」を見ると、配布物全体の(=3つ目の番号を含んだ)正確なバージョン番号と、その更新内容を確認することができます。
※1
バージョン番号のうち1つ目の数字(a)は、インストーラーの構成ファイルが変わる場合やプログラム仕様が大きく変わる場合など、比較的大掛かりな更新の際にカウントアップされます。よって、滅多に更新されることはありません。
ちょっとした改良や修正などの一般的なバージョンアップの場合は、2つ目の数字(b)がカウントアップされます。
4つ目の数字(d)は、メインプログラムの更新のうち、プログラム動作に影響しないような微々たる修正(例えばメッセージボックスの文字変更など)の場合にカウントアップされます。
(この更新は、アプリケーションの「自動アップデート確認」で案内されない場合があります。)
なお、1つ目(a)または2つ目(b)の数字が更新された場合は、3つ目(c)および4つ目(d)の数字はリセットされ、「0」になります。
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